Η επίσημη εκκλησία προσπαθεί συστηματικά και με κάθε τρόπο να αποκρύψει και συσκοτίσει τον πραγματικό της ρόλο την εποχή της οθωμανικής κατάκτησης. Προσπαθεί να παρουσιάσει τον εαυτό της λίγο ως πολύ "θύμα" του τουρκικού ζυγού και να μας πείσει πως "έκανε αντίσταση". Φυσικά, η πραγματικότητα είναι τελείως διαφορετική.
Οι Οθωμανοί δεν ήταν καθόλου τόσο μπουταλάδες όσο κάποιοι θέλουν να μας τους παρουσιάσουν. Γνώριζαν εξ αρχής πως για να εξασφαλίσουν τη μεγαλύτερη δυνατή εκμετάλλευση των κατακτημένων περιοχών έπρεπε να εξασφαλίσουν τη συνέχεια του ρωμαϊκού κράτους, θέτοντας τους θεσμούς και την άρχουσα ελίτ στην υπηρεσία τους. Και η χριστιανική εκκλησία ήταν ο ιδανικός μηχανισμός όχι μόνο καταστολής των υποταγμένων Ρωμιών αλλά και ένας ήδη καλά οργανωμένος και καλοκουρδισμένος φορολογικός και εξουσιαστικός μηχανισμός.
Έτσι, οι Οθωμανοί ενέταξαν την εκκλησία στις επίσημες δομές του κράτους τους. Ο Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως δεν ήταν απλά ο θρησκευτικός και πολιτικός ηγέτης των Ρωμιών, αλλά και ένας υψηλός αξιωματούχος του οθωμανικού κράτους. Λίγο κάτω απ' τον πρωθυπουργό-βαζύρι!
Τα προνόμια που οι Οθωμανοί έδωσαν στην εκκλησία απέβλεπαν ακριβώς στην ομαλή ενσωμάτωσή της στις επιδιώξεις του πολυπολιτισμικού και πολυθρησκευτικού κράτους τους. Και φυσικά δεν δόθηκαν χωρίς ισχυρά ανταλλάγματα. Έτσι, η Εκκλησία ανέλαβε, εκτός απ' το να διοικεί, δικάζει και φορολογεί τους πιστούς της, δύο πολύ σημαντικά καθήκοντα: α) να κρατάει υποταγμένους και νομιμόφρονες τους πιστούς της και β) να καλλιεργεί με ένταση τον αντι-παπισμό ώστε να μην υπάρχουν περιθώρια επέμβασης των χριστιανών της Δύσης στα εσωτερικά του κράτους. Εννοείται πως κάθε αποτυχία των ηγετών της εκκλησίας συνεπαγόταν αυστηρότατες ποινές, ίδιες με τις αντίστοιχες των άλλων οθωμανών αξιωματούχων (καθαίρεση, εξορία, αποκεφαλισμός κ.λπ.).
Κατά κανόνα οι οθωμανικές αρχές σεβάστηκαν τη χριστιανική θρησκεία και πίστη. Παρά τα εκκλησιαστικά ψεύδη, δεν υπήρξαν βίαιοι εξισλαμισμοί. Αντιθέτως, η κεντρική εξουσία συχνά επενέβαινε για να αποτρέψει εκούσιους μαζικούς εξισλαμισμούς πληθυσμών. Οι χριστιανοί υπήκοοι ήταν αναγκαίοι για το κράτος, για φορολογικούς και πολλούς ακόμα λόγους.
Κάπως έτσι η εκκλησία μετατράπηκε σε κράτιος εν κράτει. Απέκτησε τεράστια οικονομική δύναμη και πολιτική επιρροή. Μετατράπηκε σε "εθναρχία των Ρωμιών", επεμβαίνοντας σε κάθε πτυχή ακόκα και της προσωπικής τους ζωής. Ο ανώτερος κλήρος αποφάσιζε ακόμα και ποια θρησκευτικά βιβλία θα διαβάζουν οι πιστοί. Όχι την Αγία Γραφή, που με τα αινιγματικά της χωρία δημιουργούσε παρεξηγήσεις, αλλά μόνο τους Ψαλμούς και τα Συναξάρια. Με άλλα λόγια, πούλα παραμύθι στο λαό!
Παράλληλα η προπαγάνδα της Εκκλησίας συνδέει την οθωμανική κυριαρχία με τη θεία τάξη. Προβάλει το ιδανικό της παθητικότητας και υποταγής. Άλλωστε η σωτηρία θα δοθεί στην "άλλη ζωή". Κι αν κάποιοι τολμούσαν να επαναστατήσουν, χαρακτηρίζονταν στοιχεία κακοποιά, αντίθεα, αχάριστα στην τροφό και αήττητη βασιλεία του Σουλτάνου. Και, εννοείται, έπεφτε πάνω στα κεφάλια τους βαρύς ο πέλεκυς του "μεγάλου αφορισμού"!